食人鱼的雌雄性别通常很难分辨，因为外部性征非常相似。在大多数情况下，只有经验丰富的专业人士才能准确确定它们的性别。

一些生物学家表明，可以通过观察其腹部的凸出来区分性别，雄性食人鱼的腹部更凸出，而雌性则较为平坦；另外，雌性鱼的腹部可能看起来更圆润，而雄性可能具有更明显的鳍和额外的颜色；最后，在繁殖季节中，雌性鱼会显示出更多的行为痕迹（如筑巢），也能为分辨雌雄做出一定的贡献。