1.肥料质量必须合格，菌肥保存在低温（最适合温度4—10度）、阴凉、通风、避光处，以免失效。

2、为减少微生物死亡，使用过程尽量避免阳光直射，拌种时水量适中，是种子完全吸附，拌种后要及时播种、覆土，不可与农药化肥混合使用。

3、在酸性土壤中直接使用效果差，要配合使用石灰、草木灰。

4、保持土壤中适量的水分，及时加水和排涝。

5、生物肥料中的微生物多数是好气性的，保持土壤疏松、通气良好。

6、微生物活动要消耗能量，必须配合使用有机肥。

7、微生物生长需要多种养分，必须使用足够的氮磷钾及微量元素。