首先，东馆的规模比老馆大得多。上海博物馆东馆的总建筑面积达到113200平方米，而老馆的面积只有3.93万平方米。因此，东馆为观众提供了更多的展示空间和活动区域。
其次，两馆的功能定位和设施有所不同。上海博物馆东馆将成为一个集中国古代艺术收藏展示、古代文化教育、古代文化研究与交流及公众文化休闲娱乐的开放性公共平台，设有开放式文物保护修复陈列，通过现场展示方式，展现书画装裱和青铜、陶瓷器修复的工艺过程。而老馆则是一个综合性博物馆，馆内文物收藏包括青铜、陶瓷、书画、雕塑、甲骨、符印、货币、玉器、家具、织绣、漆器、竹木牙角、少数民族文物等31个门类。
最后，两馆的开放时间也有所不同。上海博物馆东馆预计在2023年年底建成开放，而老馆的开放时间是全年无休，每天9:00-17:00，提前1小时闭馆，其中每周一上午闭馆（设备维护日），除夕闭馆一天。
总之，上海博物馆东馆和老馆在规模、功能、设施和开放时间等方面都存在一定的差异。