要停止莆田社保灵活就业的保险缴纳，首先需向所在单位的人力资源部门提出书面申请，说明停保原因并提供相关证明文件。单位会根据规定办理停保手续，停止社保缴纳。同时，还需前往社保局办理注销手续，提交停保申请、身份证、社保卡等相关材料，并支付相应的注销费用。

办理完以上手续后，社保缴纳将会停止，对于已缴纳的社保费用，可按规定办理退费手续。