东南大学研究生录取要签订的协议主要包括以下内容：1. 学籍管理：确定学生的学籍情况，包括系统记录、课程安排、考试安排和毕业论文要求等。

2. 学业进展：约定学生在规定时间内完成学业要求，如课程学习、考试、论文写作、实验等。

3. 成果分享：约定学生在毕业前必须完成毕业论文，并在学术界发表成果等。

4. 毕业要求：规定学生在获得学位证书前需满足各项毕业要求，如学分要求、毕业论文要求、论文答辩等。

5. 学术诚信：约定学生需遵守学术道德规范，不得抄袭、伪造研究成果等行为。

6. 学术交流：约定学生需积极参与学术研究和学术交流活动，并遵守学校和学院的相关规定。

7. 违约责任：规定学生如违反协议约定，将面临一定的违约责任和惩罚。

需要注意的是，以上条款可能会因不同学院或专业的要求而有所不同，具体内容请以实际签订的协议为准。