《云锦行宝珠纸鸢》的结局是，在云锦岭上，田小花和琉璃天赐成功搭建了一架宝珠纸鸢，通过鸢子的力量回到了现实世界。他们发现自己已经度过了一整个月的时间。

田小花拿出了他们的作品，发现自己的纸鸢已经脱离桎梏，变成了自由的一只鸟。琉璃天赐向小花宣誓自己的感情，而小花也毫不犹豫地回应，两人决定正式在一起。全书以田小花和琉璃天赐的真情实感为主线，以一段浪漫而奇趣的爱情故事为结尾。