石头上有小孔通常是由于化学反应或生物作用而形成。这些小孔可能是钙质沉积物、微生物遗骸或蚀区等物质所留下的。

其中一种著名的岩石是石灰岩，它是由钙质生物遗骸形成的岩石。

化学反应可以通过溶解作用研究石头上出现的小孔。例如石英岩中的硅酸盐就会被酸性溶液侵蚀而形成小孔。因此，当我们在石头上发现小孔时，我们需要注意到石头类型及其形成过程中的化学和生物条件，而进一步通过科学方法来解决这个问题。