如实记录员工出勤时间。综合工时制是为了满足企业生产季节性旺盛的需求，而设置的一种工时制度，企业应说明理由后向行政管理部门提出申请，批准后才能实施。

按规定员工的加班时长和天数不能超出劳动合同法的规定，并且必须在指定的时间内安排综合均衡。所以其考勤方式应以实际出勤记录。