据广州南站官网信息显示，广州南站3楼有卫生间。但需要注意的是，由于车站人流量较大，卫生间的清洁和排队情况可能存在不稳定的因素，建议提前规划好时间，并注意个人卫生习惯和安全防护，以确保出行的舒适和健康。建议旅客可以在到达广州南站前提前了解车站布局和设施情况，自行做好出行准备。