毕业论文的查重应当在定稿之前进行。众所周知，毕业论文的查重从每年3月份开始一直都在进行，只要学生完成论文之后都可以提交学校的查重系统进行查重。因此，在查重之后还可以对论文的具体内容进行修改，最终才会完成论文的定稿。