灵活就业社保和职工社保的扣费方式有所不同。一般来说，职工社保是由公司代扣代缴，费用从工资中扣除。而灵活就业社保需要个人自行前往社保局或银行柜台缴费，也可以通过网上银行、手机银行等电子渠道进行缴费。具体扣费标准和时间因地区和政策而异，建议咨询当地社保局或相关部门了解详情。