细菌分为很多种。细菌按照形态可分为球菌、杆菌、螺旋菌；按照细胞壁的成分，可分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌；按照其对氧气的需求程度分为需氧菌和厌氧菌，而厌氧菌里又分为对氧极端敏感的严格厌氧菌、中度厌氧菌、耐氧厌氧菌；按其生活方式又分为自养菌和异养菌。