灵活就业人员补交医保的程序一般如下：

1. 前往当地社保局或者社保服务中心咨询具体的补交流程和需要的材料。

2. 准备好相关的材料，包括身份证、户口本、社保卡、工作证明等。

3. 填写《社会保险费补缴申请表》，并提交相关材料。

4. 社保局或社保服务中心审核通过后，会出具《社会保险费补缴通知书》。

5. 按照《社会保险费补缴通知书》的要求，将补交的社保费用存入指定的银行账户。

6. 社保局或社保服务中心收到补交的社保费用后，会在系统中进行登记，然后你就可以享受相应的社保待遇了。