根据传统的做法，三丝炒面豆芽的配料分为三丝（瘦肉丝、木耳丝和胡萝卜丝）和面条。通常，先将三丝爆炒熟透，再加入豆芽一起翻炒，将面条倒入锅中翻炒，最后加入调料翻炒均匀即可。因此，豆芽是在爆炒完三丝之后，面条入锅之前放入的。这个过程需要注意豆芽的烹饪时间，炒的时间不要太长，以免过度熟化影响口感。综上，三丝炒面豆芽最后放的是豆芽。