刘五店航道是京杭大运河上的一个重要航道，历史上曾多次发生重大事件。最著名的是在1937年7月7日南京淞沪会战期间，日军在此发起攻击，摧毁了航道上的若干公里堤岸和数十个涵洞，导致大量的外水淹入运河，使得航道长达八年之久不能通行。

此外，还有多次的自然灾害给刘五店航道带来了极大的破坏，如1911年的洪水和1954年的大旱等。但经过多年的修复和改造，如今的刘五店航道已经成为了我国南北水运的重要枢纽之一。