主要区别在于地理位置、气候、自然景观和旅游活动。具体如下：

地理位置。芽庄位于越南南部，是庆和省的一个沿海城市，而下龙湾则位于越南北部，属于广宁省。

气候。由于两者的纬度不同，芽庄的气候相对较热，而下龙湾则比较凉快。

自然景观。芽庄是一个受欢迎的海滨度假地，以其美丽的海滩和周围的山脉而闻名，适合日光浴和潜水等活动，而下龙湾以其典型的喀斯特地貌和洞穴而著称，有“海上桂林”之美称，其风光旖旎，景色怡人，是联合国教科文组织认定的“世界自然遗产”。

旅游活动。芽庄还拥有婆那加占婆塔等古迹，适合探索和观光，而下龙湾则提供了多种水上活动，如乘船观光、潜水等。