根据交通事故的责任划分，如果货车司机在事故中负有全部或者部分责任，导致货车被扣停运，那么赔偿责任应由货车司机或所属公司承担。

具体赔偿金额应根据被扣停运的时间、货物种类及价值等进行综合考虑，可能需要进行诉讼或者协商处理。

如果货车司机对事故责任没有问题，那么可以与保险公司联系，由保险公司承担赔偿责任。

需要注意的是，在交通事故中要及时处理好所有相关问题，避免后续问题的发生。