战双帕弥什的结局是构造体们的最终使命是拯救人类，击败并消灭帕弥什病毒，将被帕弥什病毒污染的世界恢复原状。游戏中的各个角色在漫长的征战中经历了成长、牺牲和磨难，最终击败了帕弥什病毒，将世界恢复了和平。