一般情况下，事业单位停薪留职期间的五险一金支付由员工个人负责，也就是说，员工需要自己缴纳社保、公积金等各项社会保险。在停薪留职期间，单位不会为员工缴纳五险一金。如果员工因特殊原因不能参加社保和公积金，可以与单位协商，但需注意相关风险和责任。