种蛋堆在一起消毒的方法并不一定不彻底，关键在于消毒方式和操作是否得当。在实际操作中，可以通过适当调整消毒液的浓度和使用方式，同时确保蛋堆堆叠整齐、消毒液覆盖全面，确保所有蛋表面都得到了足够的消毒效果。此外，消毒后仍需做好消毒后管理，保持合适的温湿度和通风条件，有效防止病害侵袭，确保蛋的健康和孵化成功率。