如果一个女生在半夜说肚子疼，那么你可以以以下方式回复：

确认她的情况：问询她的症状和程度，是否伴随有其他不适感觉等，以便更好地了解她的情况。

提供帮助：告诉她你愿意提供帮助，并询问她是否需要你去寻找药品或医护人员等。

给予安慰：让她知道你在她身边，并给予适当的安慰和支持，让她感到安心和舒适。

可能会有很多原因导致女生半夜肚子疼，比如消化不良、月经来潮等。如果情况变得严重，建议联系医生或去医院就诊。