就业协议中应明确约定的双方内容包括：员工姓名、职位、职责、工作时间、报酬、福利、培训、保密义务、竞业限制、知识产权归属、违约责任、争议解决机制、协议期限等。

这些条款清晰定义了双方的权利和义务，保障劳动关系的合法性和稳定性。