如果工伤认定超时，可以向劳动部门进行申诉，提供相关证据和材料，要求重新审定工伤认定。同时，可以寻求法律援助，委托律师代理申诉，维护自身权益。另外，也可以通过劳动仲裁或法院诉讼的方式，通过法律程序来解决工伤认定超时的问题。在处理过程中，需要妥善保留相关证据和材料，确保自身权益不受损害。