1891年11月5日，陈璧君出生于马来西亚槟榔屿乔治市的陈姓华商家。其父陈耕基，原籍广东江门新会，与梁启超同乡；其母卫月朗，原籍广东广州番禺。年轻时，陈耕基携妻闯荡南洋，成为当地富有的橡胶商和体面的绅士。陈璧君生长在优越的家庭环境里，接受的中英文教育都很完备。

陈璧君15岁时在当地华侨小学毕业，随后进入当地的璧如女校读书。

陈璧君进入璧如女校的这一年，孙中山由日本来到马来西亚槟城，在槟城建立了同盟会分会。陈璧君积极参加同盟会的活动，表现出很高的爱国热情。

同盟会分会在马来西亚刚刚成立，非常需要吸收新的成员，几个老会员见陈璧君热情高，活动能力也很强，便将她发展为会员。于是，陈璧君成为同盟会中最年轻的会员。