马尔代夫水屋厕所废物、废水有专门的回收设备，保证不向大海里排泄任何污物。政府对环保要求比较高，对于厕所排污要求有废水蓄水池。

对于排泄物由马尔代夫采用运输到指定工业岛集中处理。每一片大的珊瑚礁岛一般都有一个工业岛，用于淡水处理电力供应等，一般生活垃圾采用填埋的方法处理。