明溪和三元分开的原因主要有三个方面。

首先，明溪和三元在地理位置上相距较远，两地之间的交通不便，导致交流和合作存在困难。

其次，明溪和三元在经济发展上存在差异，三元作为福建省的重要经济枢纽，拥有更加完善的产业体系和资源优势，而明溪则相对较为落后。

最后，两地在政治和行政管理上也存在差异，独立的行政区划能够更好地促进各地的政策制定和实施，满足各自的发展需求。综上所述，明溪和三元分开主要是基于地理、经济和行政等多方面因素的考量。