国家会议使用的矿泉水透明瓶装主要有两种，一种是山泉水，另一种是纯净水。这些水源均经过严格检测和过滤处理，确保水质符合国家标准，并且不含任何有害物质。使用透明瓶装的主要原因是方便查看水质，保证会议参与者的健康和安全。同时，透明瓶装也符合简约和环保的要求，避免了对环境的污染和浪费。