南下高铁没有在虎门站停靠的原因是，虎门站并不是一个主要的交通枢纽，也不是一个重要的城市中心。此外，虎门站位于深圳市与东莞市之间的边界上，如果在这里停靠会增加列车的运行时间和成本，并且对整个线路的运行效率也会产生不利影响。

因此，南下高铁选择在更加重要的深圳北站和深圳站进行停靠，这些站点对于该区域的交通和旅游都有很大的带动作用。