单位在开具证明时，如果档案不全，通常是可以加盖公章的。但需要注意的是，公章的使用需符合以下要求：

1. 合法性：单位公章必须是在工商行政管理部门注册登记时获得的，加盖公章的证明文件才具有法律效力。

2. 真实性：单位开具的证明内容应真实、准确、合法，不得虚假陈述或误导他人。

3. 权限范围：单位公章的使用应在法定授权范围内，不得超越权限范围加盖公章。

4. 审批流程：在开具证明时，应遵循单位内部的审批流程，确保证明文件的合法性和真实性。

5. 加盖公章的位置：公章应加盖在证明文件的正本和副本上，且位置明显、端正。

总之，在档案不全的情况下，单位可以开具证明并加盖公章，但需确保符合上述要求。为了确保证明文件的合法性和真实性，建议您在使用公章前咨询相关部门或专业律师，以确保合规。