根据《住房公积金管理条例》规定，缴存职工与原单位解除劳动关系并将个人账户转至国管中心集中封存户封存。

职工在异地新就业并已建缴住房公积金的，可以申请办理转移。因此，南京公积金可以转移到上海的账户里。具体操作需要先到原单位或单位负责人处获取资料，然后去原街道或社区办理转出，再到上海新的住地社区或街道办事处办理转入，最后将资料移交到新单位。