深圳公租房申请收入限额是根据家庭人口数和户籍所在地的平均收入水平来计算的。按照深圳市住房和建设局规定，申请公租房的家庭月人均收入不超过当地上年度城镇非私营单位就业人员月平均工资的60%。

例如，2021年深圳市城镇非私营单位就业人员月平均工资为10657元，若家庭人口为3人，则申请公租房的家庭月人均收入限额为6394元（10657元×60%÷3人）。