如果纪念钞上有指纹，可以使用以下方法进行清理：首先，将纪念币沾些清水，用湿巾进行擦拭，擦拭时不要用力，慢慢擦拭，可以看到指纹印记慢慢变得模糊。如果仍然擦不掉，可以用眼镜清洗剂或电脑清洁套装中的清洗剂清洗，用温水冲洗（最好是烧开的水放温后用，不要直接用自来水，自来水中含有氯，会腐蚀纪念币）。其次，将纪念币用少量酒精或白酒冲洗擦拭，用嘴将纪念币上的水珠用力吹掉，再用吹风机在不加热档将纪念币吹干。另外，也可以尝试使用棉花签蘸取无水酒精轻轻擦拭币面，这样币面上的指纹就能被消除。

在处理完指纹后，为防止再次被污染可以采取以下措施保护纪念币：使用透明塑料小圆盒保存纪念币，防止直接接触；或者将其放入水晶盒中，如果是卷币还可以使用币筒来保护品相。在日常接触钱币时，可以使用指套防止沾上指纹。此外，如果有条件的话，还可以将它抽真空，隔绝空气，防止氧化。并且要特别注意的是，纪念币怕潮湿，因此需要防潮处理。