1.性质不同：编制备案制是一种创新的管理方式，介于医生控制编和正式编之间；人员控制数属于编外。

2.工资待遇不同：编制备案制人员的工资待遇参照同类事业单位编制人员标准执行；人员控制数人员的工资待遇由双方协商确定。

3.稳定性不同：编制备案制人员相对稳定，在合同期满后可以续签合同；人员控制数人员的稳定性相对较差，单位可以根据实际需要进行调整。