如果员工合同期未满而提出辞职，公司应该首先了解员工的离职原因，并与员工进行沟通和协商。

如果员工有合理的离职原因，公司可以根据双方的协商达成解除合同的协议，同时支付员工的相应离职补偿。

但如果员工没有合理的离职原因，公司可以拒绝员工的申请，要求员工履行合同期内的职责。

如果员工违反合同规定擅自离职，公司可以向劳动监察部门或法院提起诉讼，要求员工承担违约责任。