如果一家正在营业的店铺要被拆除，而且没有合同来保护店主的权益，那么店主在补偿方面可能面临很大的困难。在这种情况下，店主可以尝试与拆迁方达成协议，寻求公平补偿。

此外，店主也可以向当地政府或相关监管部门寻求帮助，要求他们按照相关法规和规定，为店主提供合适的补偿方案和保障。最后，店主也应该尽快咨询专业的法律顾问，了解自己的权利和义务，并采用适当的法律手段来维护自己的权益。