苏通卡过路费与实际扣款不一致可能出现以下几种情况：1.ETC设备读取不准确或异常；2.误收费（如无效车牌或车牌识别出错）；3.特定收费站收费不一致；4.苏通卡余额不足导致补交。

因此，遇到这种情况，需及时联系物流公司或高速公路收费管理部门进行核查及退款处理。同时，使用苏通卡时需注意查看账户余额和消费明细，定期查询账户金额，保证余额充足。