红肚铅笔鱼以丝藻作为主要食物来源，它们用嘴上的吸盘附着在丝藻上，用细长的吻啄取丝藻上的细丝作为食物。红肚铅笔鱼是杂食性鱼类，除了丝藻外，它们还会吃其他藻类、浮游生物、小型昆虫和鱼卵。

在人工饲养条件下，红肚铅笔鱼可以喂食人工饲料，如干鱼饲料、冷冻鱼饲料和活鱼饲料等，但它们仍然更喜欢吃丝藻。