在描述交通工具时，介词“in”、“on”和“by”的用法存在明显的区别。

首先，“in”通常用于封闭或内部空间较大的交通工具，如小汽车、出租车、轮船等。例如，我们常说“I am in a car.”（我在车里。）或“She traveled in a ship.”（她乘船旅行。）

其次，“on”则用于描述在交通工具的顶部或表面上的情况，这通常适用于一些开放式的交通工具，如公交车、火车和飞机。例如，“The children are playing on the train.”（孩子们在火车上玩。）或“She sat on the bus.”（她坐在公交车上。）尽管公交车、火车和飞机都是封闭空间，但在描述乘坐这些交通工具时，习惯上使用“on”。

而“by”则用于表示乘坐某种交通工具的方式，其后通常直接跟交通工具的名称，且不加任何冠词。例如，“I go to school by bus.”（我乘公交车上学。）或“They traveled by plane.”（他们乘飞机旅行。）

总结来说，“in”强调在交通工具的内部空间，“on”强调在交通工具的表面或顶部，“by”则强调乘坐的方式。

在使用时，需要根据具体的交通工具和语境来选择合适的介词。