北医三院目前在回龙观没有分院。离回龙观最近的是北医三院第二门诊部，位于海淀区西三旗育新花园小区，成立于1997年。设有内科、外科、妇科、儿科、骨科、康复科、消化科、眼科、口腔科、皮科、中医科、光学美容科、预防保健科、放射科、化验室、心电图室、B超室等科室。