是的，河沟自然水体中通常会有硅藻。硅藻是一种广泛存在于淡水、咸水以及土壤中的单细胞藻类，它们是水生生态系统中的重要组成部分。在河沟这样的自然水体中，硅藻可以通过光合作用产生氧气，为其他水生生物提供生存条件。同时，硅藻也是许多水生动物的食物来源，对于维护生态平衡具有重要作用。因此，可以说硅藻是河沟自然水体中不可或缺的一部分。