医疗全额事业编和差额事业编的主要区别是财政拨款比例不一样。全额事业编是财政负责全额拨款，单位不需要盈利，差额事业编的财政拨款不是全额的，财政只提供部分拨款，单位的其余开支需要自行解决。医疗全额事业编财政的拨款比例比差额事业编高，财政的支持力度更大。