物流车起火损失应当根据保险合同的约定来进行赔偿。如果车辆投保了商业车辆保险，则可以向保险公司申报理赔，根据保险金额和事故的责任，保险公司会给予相应的赔偿。如果车辆没有投保商业车辆保险，则需要根据事故责任方来进行赔偿，如果是物流公司的责任，应当承担相应的赔偿责任，如果是车辆制造商或者维修单位的责任，则应当由相应的单位承担责任。