通关朱紫零之秘宝后，玩家可以解锁神兽的战斗模式、评分系统，捕捉古代种/未来种宝可梦等等。具体来说，通关成为冠军之后可以再次回到帕底亚巨坑的深处，捕捉密勒顿和故勒顿，这样就可以开启两只坐骑的战斗模式。此外，去任意一个宝可梦中心和护士姐姐对话，就可以解锁宝可梦评分系统，会显示个体值的六个档次。

在游戏自由探索的地区中，集齐图鉴后，和生物老师对话，可获得“闪光护符”。在通关DLC外传后，丹瑜·乌栗会前往联盟社，与之前通关前后篇时出现的蓝莓四天王的4人机制类似，在通关外传后会变为蓝莓四天王、丹瑜、乌栗中的随机3个人每天轮流出现。

此外，通关DLC外传后，可以进入蓝莓学园中乌栗的房间，但乌栗不会出现在房间里。喜欢用焰白酋雷姆通过校内大赛刷钱的小伙伴，记得把讲究眼镜换成节拍器。

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