商家直营号和品牌自营号的主要区别在于经营主体和经营方式123。具体如下：

经营主体。直营号是由品牌或总公司直接经营的店铺，所有权和经营权集中于总部，通常指的是旗舰店、专卖店或专营店；自营号则是由电商平台自己经营，例如天猫或京东等平台直接采购和销售商品123。

经营方式。直营号通常涉及品牌直接管理投资的经营形态；自营号则是电商平台作为卖家直接向消费者出售商品1。

此外，两者在盈利来源、流量获取、运营模式等方面也有所不同23。