萤石矿主要产于热液矿脉中。通过内生作用与热液作用形成，与中低温的金属硫化物和碳酸盐共生。

热液的萤石矿床有两类，一种是于流纹岩、花岗岩、片岩中产出的萤石脉，共生矿物主要是方解石，石英很少，有时候与重晶石、铅锌硫化物伴生。也有在沉积岩中成层状。与石膏、硬石膏、方解石和白云石共生，或许为胶结物以及砂岩中的碎屑矿物产出。